A környezet és a környezetvédelmi jog szerepéből adódóan a környezet védelmét szolgáló jogintézmények rendszere több területet fog át.

A jogintézményi rendszer kialakítását az állam elsődlegesen a közigazgatás keretein belül biztosítja, de a jogintézményi rendszerben szerephez jut a polgári jog és a büntetőjog is. Bándi Gyula a közigazgatási jogintézményeken belül közvetlen és közvetett hatást kiváltó közigazgatási eszközöket különböztet meg. Az engedély a közvetlen közigazgatási eszközök közé tartozik.
Gellérthegyi István a környezetre hatást gyakorló tevékenységek engedélyezési eljárásait három csoportba sorolja. Az első csoportba tartoznak azok az engedélyezési eljárások, amelyek a környezet, mint egész érdekeit tartják szem előtt. Ezek az integrált környezetvédelmi engedélyezési eljárások. A másik csoportba tartoznak azok az engedélyezési eljárások, amelyek egy-egy környezeti elemre, vagy szakterületekre vonatkoznak. A harmadik csoportba azok az engedélyezési eljárások tartoznak, amelyekben a környezetvédelmi hatóságok jellemzően szakhatóságként vesznek részt.
Az integrált környezetvédelmi eljárások közé tartozik a környezetvédelmi engedély (hatásvizsgálat), az egységes környezethasználati engedély, a környezetvédelmi működési engedély (felülvizsgálat) és a környezetvédelmi teljesítményértékelés. Ha tágabb értelemben beszélünk környezetvédelmi engedélyről, akkor abba minden környezetvédelmi tárgyú engedély beletartozik. Ha szűkebb értelemben használjuk ezt a kifejezést, akkor egyértelműen a hatásvizsgálati eljárás végén kiadott hatósági engedélyt kell érteni alatta.
Az integrált környezetvédelmi jogszabályok közül talán a legnagyobb jelentősége az egységes környezethasználati engedélynek van, amely egy olyan engedélyt jelent, amelyet környezetre jelentős hatást gyakorló létesítmények esetében kell megszerezni, valamennyi környezeti elemre kiterjed és az engedély az adott tevékenységre az elérhető legjobb technikán alapul.
A környezetvédelmi felülvizsgálat a hatóság által elrendelt és lefolytatott eljárás, amelyben a beruházó, illetve az erre feljogosított személy vagy szervezet készíti, illetve készítteti el az úgynevezett teljes körű vagy részleges környezetvédelmi felülvizsgálati dokumentációt.
A környezetvédelmi törvény szerint az érdekelt a környezetvédelmi felülvizsgálat megfelelő alkalmazásával saját környezetvédelmi teljesítménye értékelésére és tevékenysége környezetre gyakorolt hatásának megismerésére felmérést végezhet. (Környezetvédelmi teljesítményértékelés)
A szakterületi engedélyezési eljárások közé tartozik a pontforrás üzemeltetési engedély, a vízjogi engedély, a természetvédelmi engedély, a hulladékkezelési engedély és a szennyezőanyag kibocsátási engedély. Levegőterhelést okozó, helyhez kötött légszennyező pontforrás létesítéséhez és működtetéséhez pontforrás üzemeltetési engedélye szükséges. Az engedély csak meghatározott időre adható ki. Az engedélyben foglalt követelményeket és egyéb előírásokat legalább 5 évente felül kell vizsgálni.
Az 1995. évi LVII. törvény szerint vízjogi engedély szükséges – jogszabályban meghatározott kivételektől eltekintve – a vízimunka elvégzéséhez, illetve vízilétesítmény megépítéséhez, használatbavételéhez, üzemeltetéséhez, valamint minden vízhasználathoz. A törvény a vízjogi engedélyek négy formáját ismeri: elvi vízjogi engedély, vízjogi létesítési engedély, vízjogi üzemeltetési engedély és fennmaradási engedély.
A természetvédelmi engedélyezésre vonatkozó legfontosabb szabályok a természet védelméről szóló 1996. évi LIII. törvényben lelhetők fel. A természetvédelmi engedélyek három nagy csoportját képezik a védett természeti területekhez kapcsolódó engedélyek (pl. kutatási engedély, kaszálási engedély), a védett növény- és állatfajokkal,  társulásokkal kapcsolatos engedélyezési eljárások (gyűjtés, külföldre vitel preparálás) és az egyéb természetvédelmi engedélyezési eljárások, mint például a barlangokban végzett tevékenységekre és a védett ásványi képződményekre vonatkozó szabályok.
A hulladékgazdálkodásról szóló törvény szerint hulladékkezelési tevékenységnek minősül a hulladék gyűjtése, begyűjtése, szállítása, előkezelése, tárolása, hasznosítása, ártalmatlanítása.
Fontos körülmény, hogy a korábbi szabályozástól eltérően minden hulladékkezelési tevékenység kizárólag a környezetvédelmi hatóság engedélyével végezhető, tekintet nélkül arra, hogy milyen hulladékról van szó. (veszélyes, települési inert stb.)
A szennyező anyag elhelyezési engedély viszonylag új jogintézmény a magyar környezetvédelmi jogban. A 219/2004. (VII. 21.) Korm. rendelet szerint szennyező anyag elhelyezése, földtani közegbe történő közvetlen bevezetése és a felszín alatti vízbe történő közvetett bevezetése engedélyköteles tevékenység.
5. A környezetvédelmi hatóság száznál több szakhatósági eljárásban vesz részt. Ezek közül a legfontosabbak a telepengedélyezési, az építési, a telekalakítási eljárás,bányászati, útügyi, erdészeti és földhivatali eljárások.
A környezetvédelmi hatósági eljárások száma és terjedelme állandó mozgásban van, amire hosszú távon számítani lehet az az integráció és az integrált környezetvédelmi eljárások szerepének növekedése.