A Kis-Balaton Vízvédelmi Rendszer fejlesztése és működtetése a Nyugat-dunántúli Környezetvédelmi és Vízügyi Igazgatóság kiemelkedő jelentőségű feladata.

A Kis-Balaton területén végzett, 1960-as évekig tartó szabályozási munkák következtében a Kis-Balaton és a környező berkek vízminőségvédő funkciója megszűnt. Ehhez járult a „civilizált” világ térhódítása – a vízgyűjtőn folyó intenzív mezőgazdasági kemizáció, a Balaton-üdülőterület rohamos fejlődése és terjedése, az infrastruktúra hiányosságai -, ami együttesen a Balatonba jutó vizek minőségének jelentős romlását okozta. A Balaton vízutánpótlásának 45 %-át a vízgyűjtő feléről a Zala folyó szállítja az összes terhelés kb. felét kitevő tápanyaggal, hordalékkal együtt a Keszthelyi-öbölbe, mely a tó felületének mindössze 6,5 %-át, térfogatának 4,3 %-át teszi ki. Az öböl sajátos áramlási viszonyai miatt ez nagyrészt ott is marad. Mindezt figyelembe véve készült el a Kis-Balaton Vízvédelmi Rendszer koncepcióterve, melynek alapgondolata az volt, hogy a hajdan öbölként, illetve mocsárként létezett Zala-völgy ismételt elárasztásával kialakuló mocsaras-nádas terület a Zalán érkező tápanyagokat feldolgozza, a mintegy 200 évvel ezelőtti, természetes állapothoz hasonlító viszonyokat állít elő.
Az építési munkákat 1981-ben kezdték, az I. ütem (Hídvégi-tó) 1985-ben elkészült, s azóta megfelelően működik. A II. ütem (Fenéki-tó) építése 1984-ben kezdődött és jelenleg is tart. A befejezését eredetileg 1992-re tervezték, azonban a sok éves késés miatt előzetesen elárasztásra került 1992-ben egy 16 km2-nyi rész. Az eltelt időben szükségessé vált a természetvédelmi és vízügyi célok összehangolása is. Az elmúlt években kialakult egy olyan megoldás, amely a mindenkori körülményekhez jól alkalmazkodó, rugalmas vízkormányzást tesz lehetővé úgy, hogy mindez messzemenően figyelembe veszi az ökológiai igényeket, valamint azt is, hogy a vízminőség-védelmi cél nem adható fel. Az ismételt tudományos felülvizsgálat megállapításait figyelembe véve adta ki a Kormány a 2317/2004. számú határozatát. Ebben a vízvédelmi rendszer kivitelezési munkáinak befejezésére 2010. december 31-i határidőt állapított meg, a végleges üzemelési rend kialakításához szükséges vizsgálatok befejezési határideje pedig 2015. december 31. A beruházási program módosításának megfelelően az Ingói-berek a jövőben csak szélsőséges hidrológiai helyzetben (pl.: árvíz) vesz részt a vízelvezetésben. Máskor az I. ütemből érkező víz a Zimányi-berekbe jut. A tározóban ennek következtében folyamatosan változó vízszintű és kiterjedésű, ártéri jellegű vizes élőhely alakul ki.
A sikeres megvalósítás érdekében került a Kis-Balaton az uniós keretekből finanszírozandó nagyprojektek közé. Az előkészítésre benyújtott pályázat első körben megfelelt, bekerült a 2007-2013 közötti Nemzeti Fejlesztési Terv keretében indítandó infrastruktúra beruházások első csoportjába. Így sikeres Európai uniós pályázat esetén a befejezéshez szükséges mintegy 8 milliárd forint rendelkezésre állhat.
A Zalával a Keszthelyi-öbölbe jutó szervetlen növényi tápanyagok mennyisége a KBVR első két egységének üzembe helyezését követő időszakban lényegesen csökkent, a rendszer az elképzelt vízminőség-védelmi funkciójának megfelel. A II. ütem azonban a végleges befejezés után érheti el a minimálisan elvárt biológiailag hozzáférhető foszfor eltávolítási hatásfokot.
A Ramsari egyezmény hatálya alá tartozó Kis-Balaton Európa-hírű vizes élőhely is. A vízborított, fokozottan védett belső területek csak szakmai céllal, kísérettel, külön engedéllyel látogathatók. A Kányavári-sziget azonban mindenki számára nyitva áll a szabadidő kultúrált eltöltésére, két kilátótornya segítségével gyönyörködhetünk a táj csodálatos szépségében és megismerhetjük a Kis-Balaton élővilágát is.
2000. év augusztusában Zalaváron a Várszigeten átadásra került a Kis-Balaton Ház, ahol a nagyközönség megismerheti a Kis-Balaton változását, sorsát, újjáéledését, eredményeit, táji és természeti értékeit.
Mivel a Védőrendszer célját, történelmi múltját és méreteit tekintve világviszonylatban is egyedülálló létesítmény – s mint ilyen, egyben referencia értékű is – érthető, hogy területén a legutóbbi időkig sok részletre kiterjedő, alapos kutatómunka folyt. Ezek a legfontosabb kémiai-, biológiai-, anyagforgalmi folyamatok feltárására, illetve a lejátszódó és várható limnológiai, ökológiai változások leírására, prognosztizálására irányultak. Másik alapvető fontosságú kutatási terület a növényzet változásainak nyomon követése, térképezése. A növényzetnek meghatározó szerepe van az anyagforgalmi folyamatokban, a táplálkozási hálózatban, de a növények alapvetően meghatározzák azt is, hogy egy területen milyen állatközösségek tudnak kialakulni.
1977 óta napi vízkémiai és vízbiológiai vizsgálatokat a Kis-Balatonnal kapcsolatosan négy helyen, heti rendszerességgel 12 helyen, eseti vizsgálatokat pedig 24 helyen (befolyók, szivattyútelepek) végeznek a Kis-Balaton Üzemmérnökség Laboratóriumának szakemberei. Az így nyert adatok mutatják meg a rendszer működésének eredményeit, a különböző hidrológiai, meteorológiai feltételek figyelembe vételével, ezek alapján lehet becsülni a Zalával a Balatont érő tápanyagterhelés alakulását, valamint a Kis-Balaton visszatartási hatásfokát.
A mérési eredmények alapján megállapítható, hogy a Hídvégi-tó és az Ingói-berek üzembe-helyezésével legkevesebb 150 ezer tonna lebegőanyag, 550 tonna összes foszfor, valamint 4545 t összes nitrogén és 5005 t NO3-N maradt vissza. (A még nem beüzemelt II. ütem külső területek nincsenek beszámítva.) Ez a lebegőanyag- és tápanyag-tömeg – mérési adatokkal bizonyíthatóan – egészen biztosan nem jutott a Balaton Keszthelyi öblébe, így minden kétséget kizáróan megállapítható, hogy a Balaton jelenlegi jó vízminőségének kialakulásában a KBVR-nek is jelentős szerepe van.
A Kis-Balaton Vízvédelmi Rendszer megalapozott üzemirányításához szükséges operatív adatokat távmérő rendszer biztosítja. A hálózat kiépítése 1996-ban indult, a rendszer átadására 1998-ban került sor. A távmérő rendszer által mért és szolgáltatott adatok szükségesek a Kis-Balaton üzemeltetéséhez, az árvíz- és a helyi vízkár-elhárítási védekezések során, valamint a belvíz elleni védelemhez.