A Szolgálat feladatköre a kemizálás előretörésével rohamosan bővült, fejlődésében mindvégig alapvető stratégiája eszközrendszerével a mezőgazdasági termelés segítése, a kemotechnológiai beavatkozások környezeti kockázatának minimalizálása, az élelmiszer biztonság megteremtése. Ezen stratégiai célkitűzések eléréséhez a szervezet folyamatos átalakuláson ment keresztül.

A Szolgálat növényegészségügyi, növényvédelmi, talajvédelmi hatósági feladatokat ellátó felügyelők munkáját a kialakított laborháttér alapozza meg.
A növényvédelmi felügyelők feladataikat a 2000. évi XXXV. törvény előírásai alapján végzik. Tevékenységükben kiemelt fontosságú feladat a növény-egészségügyi felderítések és ellenőrzéseken túlmenően a járvány és gradáció elhárítás. Megyénk fontosabb növénykultúráiban végzett károsító helyzet folyamatos felmérésével előrejelző szakreferens és adatfeldolgozó közreműködésével az előrejelzést is növényvédelmi /körzeti/ felügyelők végzik. Az Európai Unióhoz történő csatlakozás miatt az export-import mezőgazdasági és élelmiszeripari termények-termékek vizsgálata számottevően csökkent /EU- n belül életbe lépett a növényi útlevél/, a vizsgálatok többsége a szántóföldi táblára korlátozódik. A növényvédelmi felügyelők feladataikat a számukra kijelölt körzethatárokon belül a megyei szolgálat irányításával végzik. A liberalizált árumozgással nő a károsítók terjedési lehetősége, nő a járványveszély. Mindez megköveteli az ellenőrzések számának, rendjének, színvonalának javítását és a karantén felderítési tevékenység erősítését. A felügyelők további feladata a növényvédőszer forgalmazás és felhasználás tervszerű ellenőrzése. A feladatok egy részének ellátása laboratóriumi vizsgálatot, specialisták bevonását teszi szükségessé. Az előrejelzésben, karantén károsítók identifikálásában, adventív gyomok felderítésében, invazív gyomok terjedésének felmérésében, ökológiai károkok meghatározásában, a károsítók elleni védekezési rendszerek kidolgozásában együttműködnek a már 1958 óta működő károsító diagnosztikai /biológiai/ laboratóriummal.
A károsító diagnosztikai laboratórium (2004 májusától GLP/GFP tanúsítvánnyal rendelkezik) további feladatait képezi: komplex növényvédelmi és integrált növényvédelmi technológiák kidolgozása, az engedélyezés alatt álló peszticidek biológiai hatékonyságának vizsgálata, alkalmazástechnikai fejlesztések, peszticidekkel szemben kialakult rezisztencia felderítése, fitotoxicitás vizsgálatok, a nem zárlati, a veszélyes és a fontosabb károsítók biológiájának vizsgálata. Termelői visszajelzések alapján a növényvédelmi és tápanyag-gazdálkodási kérdések feltárását és nem utolsósorban a felügyelők szaktanácsadói munkáját segíti.
Az élelmiszer biztonság alapvető elvárása, hogy egészségre ártalmas anyagokat /kemikáliákat, mérgező toxinokat/ tartalmazó élelmiszerek ne kerülhessenek forgalomba, ne jussanak el a fogyasztóhoz. Ennek fő letéteményese a GLP minősítésű analítikai laboratórium. A növényvédelmi felügyelők által tervszerűen és szúrópróbaszerűen vett termőhelyi, piaci, export- import tételekből származó minták szermaradék tartalmának meghatározásával az ártalmas termékek forgalomból való kiszűrését segíti elő. Részt vesz EU koordinált növényvédő szer maradék vizsgálati programban. A készítmények engedélyezését megelőzően végzett hatóanyag lebomlás vizsgálatokkal elősegíti az MRL meghatározását (ezekhez a vizsgálatokhoz a szántóföldi kísérleti hátteret a biológiai laboratórium biztosítja).
A Talajvédelmi Laboratórium 1991. évtől NAT és 1998. évtől DAP tanúsítvánnyal rendelkezik. A tápanyag vizsgálati és szaktanácsadási feladatain túlmenően vizsgálataikkal elősegítik a talajvédelmi felügyelők hatósági feladatait /engedélyezések, szakhatósági állásfoglalások, bizonyítványok, igazolások stb./. Részt vesz a Talajvédelmi Információs és Monitoring Rendszer működtetésében, melynek célja a talaj állapotváltozások nyomon követése.
Szolgálatunknál 2000. évtől térinformatikai laboratórium működik. Célja: a szolgálat működési egységei által végzett felmérések, felvételezési helyek koordinátáinak rögzítésén túlmenően a fertőzések, a változások térképi megjelenítésével elősegíteni a fertőzések lokalizálását, tartamvizsgálatok esetén, rögzíteni a felvételi pontokat, a genetikus talajtérképek  egységesített feldolgozásával elősegíteni a talajtani és biológiai vizsgálatokat.
Az országban egyedül megyénkben történik kísérleti gépek fejlesztése és gyártása. Célja az országos hálózat speciális gépszükségletének kielégítése.
Szolgálatunk előzőekben vázolt feladatait 60 fővel (ezen belül 33 fő mérnök) oldja meg, mely létszám nem éri el az 1980. évi 50 %- át.
A kialakított intézmény szervezeti felépítését az észszerűség, a feladatok megoldásához szükséges komplexitás jellemzi, mely egység megbontása megkérdőjelezi a szolgálat működését.